B|OloGy InSiTe - Bio IFMA

Por Mônica Pileggi


Agência FAPESP – Nesta terça-feira (29/3), o professor Paul Long, da Divisão de Ciências Farmacêuticas do King’s College London, no Reino Unido, ministrará a palestra “From DNA sequences to chemical structures: methods for mining microbial genomic and metagenomic datasets for new natural products”, na Universidade de São Paulo (USP), na capital paulista.
O evento, com início previsto para o meio-dia, na sala 101 do Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) da USP, faz parte das atividades do projeto de pesquisa "Construção de diplóides da bactériaStreptomyces: implicações na evolução do genoma e descobrimento de drogas", aprovado em chamada realizada pela FAPESP em parceria com o King’s College London.
Uma das técnicas usadas na microbiologia ambiental é o isolamento do DNA chamado metagenômico, que inclui todos os genomas em uma única amostra.
“Tem sido um grande avanço já que as técnicas microbiológicas atuais revelam perdas de até 99% dos microrganismos presentes na amostra”, disse Gabriel Padilla, professor do Departamento de Microbiologia e organizador do seminário.
Segundo ele, o desafio é descobrir como acessar esse elevado número de perdas durante o processo que antecede o sequenciamento de um genoma. “Se a amostra de DNA for de boa qualidade, o resultado será mais preciso, uma vez que o número de informações será impactante”, disse.
Devido ao volume, as informações precisam também ser organizadas de modo a evitar perdas de material biológico. Para isso, o grupo de Long desenvolve programas de bioinformática que analisam famílias de compostos químicos que respondem a certas características.
“Em nosso projeto, focamos no grupo dos policetídeos. Do ponto de vista biotecnológico, são moléculas de altíssimo interesse para a ciência básica”, disse Padilla. Os policetídeos, como o prefixo já diz, são moléculas de múltiplas aplicações. Tratam-se de complexos produzidos por bactérias, fungos ou plantas, sendo, muitos deles, antibióticos.
Os pesquisadores desejam entender como ocorre a instabilidade genética da bactéria Streptomyces. “Essas alterações dentro do genoma, que ainda não sabemos como ocorrem, podem geram grandes consequências, como a perda da produção do antibiótico”, disse Padilla.
De acordo com o pesquisador da USP, essas bactérias são responsáveis por 70% dos antibióticos disponíveis hoje no mercado. “Elas são as maiores produtoras existentes na natureza”, disse.
O objetivo de Padilla e Long, que realizam trabalhos nos laboratórios do ICB-USP e no KCL em parceria com outros dois pesquisadores, o alemão John Cullum, e o croata Daslav Hranueli, é descobrir novos policetídeos a partir do estudo da Streptomyces.

Fonte: Agência FAPESP

Agência FAPESP – O Laboratório de Genética e Biologia Molecular de Fungos da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo tem uma vaga em aberto para Bolsa de Pós-Doutorado.
A oportunidade está inserida no Projeto Temático "Genômica Funcional e Comparativa em Fungos", apoiado pela FAPESP, e tem como objetivo estudar os mecanismos moleculares envolvidos na interação dermatófito-hospedeiro.
Os candidatos devem ter título de doutor e experiência em técnicas de biologia molecular (amplificação, clonagem, sequenciamento, expressão gênica, nocaute gênico). É desejável fluência em inglês e experiência em bioinformática.
Os interessados devem enviar carta de apresentação até 26 de janeiro de 2011 com: motivações quanto à função; breve relato da experiência profissional; curriculum vitae atualizado; nomes e e-mail de dois profissionais para referências.
A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 5.028,90 mensais por 24 meses.
Outras vagas de Bolsas de Pós-Doutorado, em diversas áreas do conhecimento, estão no site FAPESP-Oportunidades, em www.oportunidades.fapesp.br.

Fonte: Agência FAPESP

Agência FAPESP – Um grupo de pesquisadores do Centro em Ciência da Saúde na Universidade do Texas, nos Estados Unidos, conseguiu restaurar a memória e a capacidade de aprendizagem em um modelo animal da doença de Alzheimer.
No estudo, a recuperação foi verificada em camundongos que tiveram aumentada a quantidade de uma proteína chamada CBP. Segundo os autores, trata-se da primeira demonstração de que a CBP, que libera a produção de outras proteínas essenciais para a formação de memórias, pode reverter consequências da doença hoje incurável.
Os resultados da pesquisa serão publicados esta semana no site e em breve na edição impressa da revista Proceedings of the National Academy of Sciences.
De acordo com os cientistas, o estudo aponta para um novo caminho para o desenvolvimento de terapias para Alzheimer, forma mais comum de demência que afeta mais de 25 milhões de pessoas no mundo.
Em pacientes com a doença, o acúmulo da proteína beta-amiloide bloqueia a formação de memória ao destruir as sinapses, regiões em que os neurônios compartilham informações. Outra proteína, a tau, forma emanharados neurofibrilares que se depositam no interior dos neurônios.
Aumentar a quantidade de CBP não altera a fisiologia da beta-amiloide ou da tau, mas atua em um mecanismo de recuperação diferente, ao restaurar a atividade da proteína CREB e elevar os níveis de outra proteína, chamada BDNF.
“A CBP pode funcionar como um efeito dominó entre as proteínas que transportam sinais das sinapses aos núcleos dos neurônios. Levar informação aos núcleos é necessário para a formação de memórias de longo prazo”, disse Salvatore Oddo, um dos autores do estudo.
O grupo produziu geneticamente um vírus capaz de levar a CBP ao hipocampo, região no cérebro fundamental para a consolidação de memórias e para a aprendizagem.
Aos seis meses de idade, quando a entrega da CBP foi realizada, os camundongos modificados geneticamente estavam com perdas cognitivas semelhantes às verificadas no Alzheimer.
Os animais foram avaliados em um labirinto, onde tinham que lembrar a localização de uma plataforma de saída. Camundongos tratados com CBP foram comparados com outros que receberam apenas placebo e com um terceiro grupo, de animais normais.
A eficiência em escapar do labirinto foi usada como sinal de formação de memória e de aprendizagem. No modelo com Alzheimer, o rendimento do grupo com CPB foi idêntico ao observado nos animais normais, sem a doença, e muito superior ao grupo que recebeu placebo.
O artigo cAMP-response element binding protein binding protein gene transfer increases brain-derived neurotrophic factor levels and ameliorates learning and memory deficits in a mouse model of Alzheimer's disease(10.1073/pnas.1012851108), de Salvatore Oddo e outros, poderá ser lido em breve por assinantes da PNAS emwww.pnas.org.

Fonte: Agência FAPESP

Por Elton Alisson
Agência FAPESP – Os milhares de genes que compõem o genoma humano se relacionam entre si por meio de complexas redes de regulação nas quais, em algumas delas, certos genes (denominados canalizadores) controlam o funcionamento de diversos outros.
Para tentar descobrir e simular o comportamento desses genes que podem desempenhar funções importantes no controle regulatório do organismo humano – e que, por isso, podem ser alvos potenciais de novas terapias para o tratamento de doenças – há métodos estatísticos e computacionais que analisam amostras de dados de expressão gênica.
Essas técnicas são limitadas, mas um estudo realizado por David Corrêa Martins Júnior, professor associado do Centro de Matemática, Computação e Cognição da Universidade Federal do ABC (UFABC), deu origem a um novo método computacional e estatístico de caracterização de genes canalizadores e a uma nova ferramenta que possibilita detectá-los com maior eficácia em redes de regulação gênicas modeladas matematicamente.
Resultado de sua tese de doutorado, defendida em 2009 no programa de Pós-Graduação em Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP), a pesquisa recebeu menção honrosa no Prêmio Capes de Teses 2009, cujos resultados foram anunciados em 11 de novembro.
O trabalho foi desenvolvido com Bolsa de Doutorado da FAPESP e integrou o Projeto Temático “Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações”.
Na pesquisa, realizada no IME-USP e na Texas A&M University, Martins Júnior estudou as condições matemáticas e computacionais necessárias para o surgimento de genes canalizadores em redes de regulação gênicas. E, a partir desse trabalho de caracterização matemática, desenvolveu uma nova ferramenta que possibilita detectá-los analisando dados de expressão gênica de microarray.
“Essas condições são muito específicas e até então não tinham sido bem estudadas”, disse o professor Roberto Marcondes Cesar Júnior, orientador da pesquisa, à Agência FAPESP.
“Com a caracterização matemática dessas condições é possível criar métodos computacionais de identificação de genes canalizadores mais eficientes do que os que temos hoje”, explicou o também membro da coordenação de Ciência e Engenharia da Computação da FAPESP.
De acordo com Marcondes, uma das formas mais simples de tentar descobrir se um determinado gene controla outro é calculando a correlação entre eles. Porém, para detectar se, de fato, um gene é canalizador em uma rede de regulação gênica, é preciso analisar todos os subgrupos de genes controlados por ele, como duplas, trios ou quartetos.
Ao tentar fazer essas análises por meio dos métodos computacionais e estatísticos disponíveis, os pesquisadores na área de genômica deparam com a barreira da explosão combinatória, em que um pequeno aumento no tamanho do problema causa uma drástica elevação do tempo necessário para obter uma resposta.
Hoje, um teste de comparação de um gene com outro em uma rede de 5 mil genes analisando dados de microrrayleva apenas alguns segundos. Mas, para fazer a correlação de trios, a demora chega a seis meses. Já para comparar quartetos, seria necessário esperar 824 anos. “Isso dá uma ideia de como é inviável sair testando todas as possibilidades de combinação”, explicou Marcondes.
Aplicações em biologia e redes sociais
Por intermédio da pesquisa, Martins Júnior desenvolveu novas ferramentas matemáticas que possibilitam controlar o problema da explosão combinatória.
O modelo matemático desenvolvido foi aplicado em um conjunto de dados de expressão de melanoma contendo amostras de versões ativas e inativas de um gene, o DUSP1, que atua como canalizador. Os testes revelaram que o gene controla, ao todo, 19 subconjuntos de outros genes.
“Quanto maior o número de subconjuntos de genes controlados por um gene, maiores são as possibilidades de ele ser um gene “mestre” em uma via metabólica. Ao interferir nesse gene canalizador, é possível modificar todo um sistema biológico com poucas intervenções”, disse o professor da UFABC.
Segundo Marcondes, além de serem úteis para analisar dados de expressão gênica e detectar genes canalizadores, o modelo e a ferramenta matemática desenvolvidos por intermédio da pesquisa, que já estão prontos para serem usados, também podem ser aplicados em outras áreas distintas da biologia, como psiquiatria ou telecomunicações.
Outra aplicação também poderá ser em redes sociais, como Orkut, Facebook, Myspace e Twitter, para identificar “participantes canalizadores”, isto é, pessoas que influenciam o comportamento de outras na rede.
“Como essas ferramentas são abstratas, não precisamos atacar só dados de expressão gênica. Nada impede que possamos utilizá-las para tratar dados de redes sociais para detectar formadores de opinião nessas redes”, disse o orientador do estudo.
Na biologia, uma das aplicações mais ambiciosas para o novo método e ferramentas matemáticas seria utilizá-los na área de biologia sintética para criação de um organismo que produza etanol de maneira mais eficiente, por exemplo.
“Teoricamente, como o método e a ferramenta possibilitam analisar dados e aprender parâmetros, é possível simular o funcionamento de um organismo antes dele existir e prever ou, pelo menos, analisar como ele se comportará”, disse Marcondes.

Fonte: Agência FAPESP

Agência FAPESP – O primeiro sequenciamento do genoma de um anfíbio é o destaque da edição desta sexta-feira (30/4) da revista Science. O grupo internacional de cientistas responsável pelo trabalho publicou o resultado do sequenciamento do genoma de uma rã encontrada na África, a Xenopus tropicalis.
O anuro em questão, segundo os pesquisadores responsáveis pelo sequenciamento, é um importante modelo para o desenvolvimento dos vertebrados. A sequência apresentada contém mais de 20 mil genes codificadores de proteínas, incluindo genes semelhantes de pelo menos 1,7 mil causadores de doenças em humanos.
“Até o momento, foram sequenciados diversos animais com pelos, mas poucos outros vertebrados. Ter um catálogo completo dos genes de Xenopus, ao lado dos genes de humanos, ratos, camundongos e galinhas, nos ajudará a remontar o conjunto dos genes ancestrais dos vertebrados”, disse Richard Harland, professor da Universidade da Califórnia em Berkeley e um dos autores da pesquisa.
“O genoma da Xenopus abre a possibilidade de estudar os efeitos dos disruptores endócrinos nos níveis molecular e genômico”, disse Uffe Hellsten, do Joint Genome Institute em Walnut Creek, primeiro autor do artigo.
Disruptores endócrinos são substâncias químicas – a maior parte derivada da poluição – que imitam os hormônios dos anuros. Sua presença em corpos d’água pode, de acordo com os cientistas, ser parcialmente responsável pelo declínio das populações de sapos, rãs e pererecas em todo o mundo.
“Esperamos que o conhecimento dos efeitos desses disruptores hormonais possa ajudar a preservar a diversidade dos anuros. Como esses produtos químicos também afetam o homem, esse conhecimento poderá ter um efeito positivo na saúde humana”, disse Hellsten.
Xenopus, que significa “pé estranho”, é um gênero de mais de 20 espécies de anuros nativas da África subsaariana. Quando os biólogos descobriram que tais anfíbios eram sensíveis à gonadotrofina coriônica humana (HCG), eles passaram a ser usados em testes de gravidez a partir da década de 1940.
Ao injetar urina de uma mulher em um exemplar de Xenopus, caso ela esteja grávida a rã ovulará e produzirá ovos em menos de 10 horas. Posteriormente, os cientistas verificaram também o importante valor desses pequenos anfíbios – que cabem na palma da mão – no próprio estudo do desenvolvimento embrionário.
Quando o Joint Genome Institute decidiu sequenciar o genoma de um anuro, a comunidade internacional recomendou o X. tropicalis, e não o muito mais conhecido X. larvis, porque o genoma do primeiro tem a metade do tamanho do segundo e seu sequenciamento seria mais rápido e com menor custo.
Um esboço do genoma do X. tropicalis já estava disponível à comunidade científica, mas o novo artigo é a primeira análise do genoma completo.
De acordo com os autores do estudo, a comparação de regiões em torno de genes específicos do anfíbio com o do homem e da galinha mostrou que eles são muito semelhantes, o que indica um alto nível de conservação da organização ou da estrutura dos cromossomos.
“Quando olhamos para alguns segmentos do genoma da Xenopus, estamos literalmente observando estruturas com 360 milhões de anos e que foram partes do genoma do último ancestral comum de todas as aves, anfíbios, dinossauros e mamíferos que passaram pela Terra”, disse Hellsten.
O artigo The Genome of the Western Clawed Frog Xenopus tropicalis (DOI: 10.1126/science.1183670), de Uffe Hellsten e outros, pode ser lido por assinantes da Science em www.sciencemag.org. 

Por Fábio de Castro
Agência FAPESP – Um grupo coordenado por cientistas brasileiros descreveu o genoma das duas espécies de bactéria do gênero Xanthomonas, que causam os cancros cítricos tipo B e tipo C, e comparou os resultados com o genoma da Xanthomonas citri, agente da cancrose tipo A – que é a forma mais severa dessa doença de grande impacto econômico na citricultura mundial.
A sequência genômica da Xanthomonas citri foi descrita em 2002 em artigo publicado na revista Nature por pesquisadores da Rede Onsa (Organização para Sequenciamento e Análise de Nucleotídeos, na sigla em inglês), instituto virtual de genômica financiado pela FAPESP e pelo Fundo de Defesa da Citricultura (Fundecitrus) e formado por laboratórios ligados a instituições de pesquisa do Estado de São Paulo.
O estudo atual foi publicado na revista BMC Genomics e, de acordo com os autores, desvendou inúmeras semelhanças e diferenças no conteúdo genético dos genomas dos agentes patogênicos que causam os cancros cítricos A, B e C.
De acordo com o autor principal do artigo, João Carlos Setúbal, pesquisador do Instituto de Bioinformática da Universidade Virginia Tech (Estados Unidos), a partir da comparação entre os genomas, a genética molecular poderá ser empregada para determinar o papel dos genes nas interações entre o microrganismo e a planta.
“Com essa comparação, descobrimos uma série de informações genômicas que serão extremamente úteis para que a doença seja melhor compreendida. Acreditamos que o artigo será uma referência importante para quem estuda o cancro cítrico, abrindo caminho para testar novas hipóteses e explorar novas direções. Esse conhecimento será importante para que a doença possa ser efetivamente controlada”, disse Setúbal à Agência FAPESP.
De acordo com dados divulgados pelo Fundecitrus, a exportação de suco de laranja gera anualmente US$ 1,5 bilhão ao Estado de São Paulo. A cada ano, o cancro cítrico tem um custo direto de US$ 15 milhões, incluindo a manutenção de equipes e eliminação de focos da doença. O cancro cítrico eliminou cerca de 8 milhões de plantas desde 1999.
O artigo teve participação de cientistas da Universidade de São Paulo (USP), Universidade Estadual Paulista (Unesp), Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), Universidade Federal de Ouro Preto (Ufop), Universidade Federal do Mato Grosso do Sul (UFMS), Instituto Biológico de Campinas e Instituto Agronômico do Paraná.
Entre as instituições norte-americanas, participaram pesquisadores da Universidade Virginia Tech e da Universidade da Flórida em Gainesville. O genoma da Xanthomonas citri foi comparado aos da Xanthomonas aurantifolii das cepas B e C, além de outros genomas de bactérias do mesmo gênero.
O sequenciamento foi realizado na Unesp em Jaboticabal (com coordenação de Jesus Aparecido Ferro), na Unesp em Botucatu (com coordenação de Luiz Roberto Furlan) e no Instituto de Química da USP (coordenado por Ana Cláudia Rasera da Silva, atualmente pesquisadora da empresa Alellyx).
O trabalho de bioinformática e a coordenação da publicação e submissão ficaram a cargo de Setúbal, que, na época do estudo, era professor da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp).

História de percalços
Segundo Setúbal, a publicação foi resultado de uma história longa e cheia de reviravoltas. Tudo começou com o projeto Xylella, iniciado em 1997 pela FAPESP. Naquele ano, a Fundação organizou a Onsa e, em parceria com o Fundecitrus, financiou as pesquisas que decifraram o material genético da bactéria Xylella fastidiosa, causadora da clorose variegada de citros (CVC), ou praga do amarelinho. O projeto deu início ao Programa Genoma-FAPESP. Setúbal era um dos coordenadores da área de bioinformática do projeto.
O projeto foi concluído em novembro de 1999 e o país entrou para a história pelo primeiro sequenciamento de um fitopatógeno – isto é, um organismo causador de uma doença em uma planta de importância econômica. Os resultados foram publicados na revista Nature, em 2000, representando um marco para a ciência brasileira.
“O projeto Xylella congregou 34 laboratórios paulistas. Com ele adquirimos a capacidade para fazer esse tipo de pesquisa e foram organizados subgrupos para iniciar outros projetos, voltados para o sequenciamento e a descrição dos genomas da cana-de-açúcar, do câncer e da Xanthomonas citri. Esse grupo terminou seu trabalho em 2002 e, ainda naquele ano, publicou outro artigo na Nature”, contou Setúbal.
Em seguida, dois participantes do projeto – Ana Cláudia, então no IQ-USP, e Jesus Ferro, da Unesp – conseguiram financiamento da FAPESP para o sequenciamento das Xanthomonas B e C.
“Uma das diferenças entre esses outros dois tipos de cancro e o tipo A é geográfica: são encontrados apenas na América do Sul, sendo que a forma B só aparece na Argentina, Uruguai e Paraguai e a forma C é exclusiva do Estado de São Paulo”, explicou Setúbal.
Outra diferença é que a cancrose cítrica tipo A ataca um número maior de árvores cítricas do que os tipos  B e C. “Pensamos em sequenciar os tipos B e C e comparar seus genomas com o do tipo A, para fazer correlações e compreender melhor, a partir das diferenças, os mecanismos causadores da doença”, disse.
Quando o grupo obteve apoio da FAPESP, em 2002, a Allelyx foi fundada com capital da empresa Votorantim. Entre os fundadores estavam Ana Cláudia, Ferro e Setúbal. “No início, Ana Cláudia e Ferro conseguiram conciliar suas atividades na Allelyx e a coordenação do sequenciamento.Mas logo eles começaram a ficar totalmente absorvidos pelas atividades da empresa e isso fez com que o projeto ficasse em segundo plano”, disse Setúbal.
Em 2003, Setúbal já havia saído da Allelyx e retornado às suas atividades na Unicamp, enquanto Ana Cláudia havia deixado a USP para se dedicar à empresa. No início de 2004, Setúbal mudou-se para os Estados Unidos, mas manteve ativo seu laboratório de bioinformática na Unicamp – que ainda desempenhava papel crucial em outros projetos Genoma financiados pela FAPESP, e passou a ser controlado pelo professor à distância.
Em julho de 2004 Ana Claudia convidou Setúbal a assumir a direção do projeto sobre a Xanthomonas B e C. O professor resolveu aceitar, segundo ele, pois achou que com mais um ano de trabalho seria possível finalizar as sequencias e terminar o projeto.
“No entanto o sequenciamento parou, e eu e meus alunos no laboratório da Unicamp passamos aquele ano montando e anotando as sequências já disponibilizadas. Em outubro de 2005, a Unicamp solicitou que eu voltasse ao Brasil. Escolhi permanecer nos Estados Unidos e sair da Universidade. Com isso, tive que fechar o laboratório de bioinformática. Transferimos então todos os dados do projeto para o laboratório do professor Ferro, em Jaboticabal”, contou Setúbal.

Alinhamento favorável
Mesmo com a transferência dos dados, as perspectivas de finalização do projeto eram cada vez piores, de acordo com Setúbal. Nesse momento, segundo o professor, um dos fatores que manteve acesas as esperanças de que o projeto pudesse vir a ser finalizado foi o interesse demonstrado por um aluno de doutorado de Ana Cláudia, na USP, Leandro Moreira.
“Ele estava envolvido com o projeto desde 2004 e determinados aspectos das análises faziam parte de sua tese de doutorado.Por isso, para ele seria péssimo se o projeto morresse. Com isso, firmamos uma espécie de pacto que visava levar o projeto a bom termo de qualquer jeito", contou. Mas, segundo o professor, ainda havia tanto por fazer, com tão poucos recursos, que a dupla precisava lutar constantemente contra o desânimo.
"Para piorar, fiquei sabendo, em 2007, que cientistas da Flórida haviam obtido financiamento para sequenciar várias cepas de Xanthomonas de cancro, incluindo os tipos A e B. Imaginei, naquele momento, que o projeto iria mesmo morrer, pois não faria sentido continuar depois que outro grupo passase à nossa frente e publicasse esses genomas”, disse Setúbal.
Em agosto de 2007, Setúbal recebeu nos Estados Unidos, para um pós-doutorado, o pesquisador Nalvo Almeida Jr., professor da UFMS. A presença de Almeida Jr. permitiu que duas etapas cruciais do projeto fossem realizadas: a anotação dos genomas e sua submissão ao banco público de sequências GenBank. Enquanto isso, Moreira, que havia concluído o doutorado, tornou-se professor da Ufop, em Minas Gerais. Em 2008, Setúbal e Moreira finalmente iniciaram a redação do manuscrito com a análise dos genomas.
“O início do trabalho de preparação do manuscrito nos deu um grande alento. Mas sabíamos que a comparação entre os genomas só poderia ser feita com propriedade se contássemos com um especialista na proteínas efetoras – que são essenciais para que a bactéria cause o cancro. Sem isso não conseguiríamos uma publicação de impacto”, disse Setúbal.
Em meados de 2009, um colega do cientista na Virginia Tech indicou a ele uma especialista em proteínas efetoras, Neha Potnis, da Universidade da Flórida. “Convidamos Neha para nos ajudar e ela aceitou. Em outrubro de 2009 repassamos a ela todos os dados e em um mês ela descobriu todos os genes que codificam as proteínas efetoras e elaborou o texto que foi incorporado ao nosso manuscrito parcial. Os pontos se alinharam de forma favorável. Em dezembro pudemos submeter o texto à publicação”, contou Setúbal. "A notícia da aceitação do artigo, em março de 2010, veio a coroar um esforço de mais de oito anos", disse ainda o pesquisador.
O artigo Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii, de João Setúbal e outros, pode ser lido gratuitamente na BMC Genomics emwww.biomedcentral.com/1471-2164/11/238/abstract. 

Agência FAPESP – Um grupo de pesquisadores franceses identificou enzimas que digerem carboidratos de uma bactéria marinha, a qual, por sua vez, se alimenta de algas. Mas a maior curiosidade é que os genes que codificam essas enzimas foram encontrados não apenas em ecossistemas marinhos, mas em um outro bem diferente: o intestino humano.
Segundo o estudo, publicado na edição desta quinta-feira (8/4) da revista Nature, microrganismos marinhos que vivem em algas transmitiram genes para a microbiota intestinal de humanos, mas apenas de alguns. Os genes foram encontrados em indivíduos japoneses, mas não em norte-americanos.
O motivo? O consumo de algas conhecidas como nori (Porphyra spp.), que costumam envolver os delicados sushis, um dos itens mais tradicionais da culinária japonesa.
Jan-Hendrik Hehemann, da Universidade Pierre e Marie Curie – Paris 6, e colegas compararam dados dos genomas dos intestinos de 13 voluntários japoneses com 18 norte-americanos para descobrir a transferência de enzimas de bactérias do mar.
No Japão, algas marinhas não estão apenas nos sushis, mas são parte importante da cultura e da sociedade do país há muito tempo. Registros históricos mostram, por exemplo, que no século 8 algas eram usadas como moeda para pagamento de impostos devidos pelos cidadãos.
Segundo os cientistas, após vários séculos, o contato com microrganismos marinhos pelo consumo de algas deve ter aberto uma rota por meio da qual genes que codificam enzimas responsáveis pela digestão de algas foram transferidos de um ecossistema, o oceano, para outro muito diferente: o intestino humano.
Os cientistas apontam que essa transferência é importante para a evolução, uma vez que permite o aproveitamento de nutrientes que anteriormente não teriam valor.
“Entre as diversas questões interessantes que essa pesquisa levanta está a importância relativa da adaptação da microbiota, que ocorre durante a evolução das espécies hospedeiras, a colonização de novos ambientes e as mudanças nas dietas”, disse Justin Sonnenburg, da Universidade Stanford, em comentário sobre a descoberta na mesma edição da Nature.
“Como a ampliação da capacidade de obter alimentos ricos em energia é considerada um dos fatores importantes da evolução humana, é provável que a adaptação da microbiota tenha acompanhado as mudanças dietárias que ocorreram durante a história humana”, apontou.
Segundo ele, novos estudos deverão ajudar a determinar como, durante a evolução, as mudanças na produção e preparação de alimentos influenciaram a microbiota intestinal.
“Estudos de amostras antigas derivadas de coprólitos e de hominídeos fossilizados ou mumificados e investigações em nossos parentes primatas poderão fornecer um retrato de como a microbiota se formou – e tem sido formada – pela história natural”, disse Sonnenburg.
As mudanças continuam, destaca o pesquisador. O consumo de alimentos produzidos em massa, muito calóricos, altamente processados e higiênicos, ou seja, isentos de micróbios pode não ser exatamente uma boa ideia. O motivo é que, com uma alimentação desse tipo, a microbiota intestinal deixaria de receber a transferência de genes de microrganismos.
“A próxima vez que você comer um alimento incomum à sua dieta, lembre que isso pode ser muito bom. Pense nos micróbios que você está ingerindo e na possibilidade de estar fornecendo a alguns de seus trilhões de amigos próximos [na microbiota intestinal] um novo conjunto de utensílios”, disse Sonnenburg.
O artigo Transfer of carbohydrate-active enzymes from marine bacteria to Japanese gut microbiota (doi: 10.1038/nature08937), de Jan-Hendrik Hehemann e outros, pode ser lido por assinantes da Nature emwww.nature.com.

Fonte: Agência FAPESP