MODELAGEM MOLECULAR pelos alunos do Instituto

Durante esse semestre (2010.1), os alunos da turma de Bioquímica, sob o comando do Prof. Márcio Silva, realizaram um trabalho de modelagem molecular por homologia com a ajuda do biólogo formado pelo Instituto, Ricardo Tajra, que realizou o mesmo trabalho para sua monografia.
A turma foi dividida em 2 equipes em que cada uma ficaria responsável pela modelagem e caracterização de uma proteína ainda não estudada. As duas proteínas foram:



Fosforibosil transferase (Candida albicans)

1. Identifique as proteínas molde e modelo (nome e organismo a que pertence);
2. Descreva os diferentes níveis de organização estrutural observados no modelo;
3. Classifique a proteína quanto:

  - Número de cadeias da proteína molde (monômero, dímero etc....) e se ocorre à formação de Protômeros;

     - (molde) Composição (identifique se existe grupo prostético) apo proteína etc...;

- (modelo) Forma (principalmente a, b, etc...;

4. (modelo) Identificar os resíduos C-terminal e N-terminal;
5. Comparar as estruturas primarias dos PDBs (molde e modelo) através de um alinhamento e descrever o resultado em termos de identidade e homologia justificado a possibilidade de modelagem molecular por homologia.
6. Represente uma parte da estrutura primária (molde e modelo) considerada segmento fixo e outra considerado segmento variável.

7. Observar a proporção de cada resíduo;
8. Observar a disposição dos resíduos hidrofílicos e hidrofóbicos na estrutura;
9. Observar a ocorrência de pontes de hidrogênio;
10. Enumerar os elementos de estrutura secundária enfatizando as principais interações que os mantem;
11. Comparar a ocorrência efetiva de resíduos de aminoácidos com a probabilidade relativa de que um determinado resíduo de aminoácido ocorre nos três tipos mais comuns de estrutura secundária;
12. Analisar se ocorrem dobras b do tipo II;
13. Observar a ocorrência e pontes dissulfeto;
14. Executar rotações na cadeia lateral de um resíduo de arginina descrever o que acontece;
15. Verificar a ocorrência de pontes salinas;
16. Mostras os gráficos de avaliação do modelo.